Наразі вже висунуто три основні версії.
Як зазначається російські правоохоронці висунули основі версії причини вбивства Бориса Нємцоа, а саме політичну провокацію, ісламсько-екстремістський слід, внутрішньоукраїнські події та комерційну діяльність.
"На сьогоднішній момент слідство розглядає кілька версій: вбивство як провокація для дестабілізації політичної обстановки в країні, і фігура Нємцова могла стати своєрідною сакральною жертвою для тих, хто не гребує ніякими методами для досягнення своїх політичних цілей", - сказав офіційний представник Слідчого комітету Росії Володимир Маркін.
Також, ретельно перевіряють версію пов'язану з ісламсько-екстремістським слідом, адже у слідства є відомості про те, що Нємцов отримував погрози у зв'язку з його позицією щодо розстрілу журналістів редакції журналу "Шарлі Ебдо" в Парижі.
"Не секрет, що серед обох конфліктуючих сторін є дуже радикальні персонажі, не підкоряються ніяким владі", - сказав Маркін, не виключивши й версії, пов'язані з комерційною діяльністю вбитого і особистою неприязню до нього, і інші побутові версії.