Падіння Буди і розкол країни на три частини викликали великі зміни у релігійному стані країни. Там, де залишилась християнська влада, з 1525 по 1541 рік усе більше поширювалось лютеранство, знаходячи знатніших прихильників.
Бракувало тільки слушної нагоди, щоб цілі регіони країни відкрито відірвались від католицької церкви, - пише дослідник-релігієзнавець Корачоні Янош. З 1549 р. авсгустинська євангелістська церква була уже присутня і в західній частині країни. Поступово виникла нова ситуація: здавалося, що вся країна або ж більша її частина прийме євангелістську віру, коли із багаточисленних протестанських общин з'явилась друга, реформатська гілка, відома під назвою кальвіністської.
Реформація надзвичайно швидко поширилась по всій Північно-Східній Угорщині, в результаті чого католицька церква тут майже припинила своє існування. Ужгород прийняв реформацію в 1546 р., Мукачево – в 1532 р., Тячів – в 1547 р. Вишково – в 1523 р і Хуст – в 1524 р. За даними угочанського дослідника Комаромі Ондраша католицька община Севлюша около 1541 р. прийняла протестантизм, сьогоднішня ж община датує початок свого заснування 1545 р.
У середині 16 століття найвидатнішим проповідником нової віри у цих краях був Калманчегі Шанто Мартон. Звістка про заказне політичне вбивство єпископа Фратера обурила знать Затисянщини та Трансільванії, яка ополчилася проти католика Фердінанда і приєдналась до реформації. Ненависть прихильників нової віри була звернена проти короля та його прихильників, а таким чином обернулась і проти католицької церкви, священників і монахів. Серед знатних дворянських сімей, які значною мірою сприяли поширенню нової віри, виділялась родина баронів Перені, володіння якої знаходились у декількох комітатах. Перені серед перших прийняли нову віру і відіграли визначну роль не тільки у поширенні, але й у її зміцненні у всій Північно-Східній Угорщині. У їхніх маєтках приклад землевласника наслідувало і все баронське помістя.
Перені засліпила та ж братовбивча ненависть, що й усю тогочасну Європу. Таким чином, Перені Петер та його син Габор - нащадки колишнього палатина країни, розрушили три монастирі вздовж Верхнього Потисся, невдовзі після чого драматична розв'язка настигла і севлюських братів-францисканців, внаслідок чого був розрушений їхній середньовічний монастир з мощами Святого Капістрана .
Подібну драму пережив і берегівський францисканський монастир. На нього був здійснений жорстокий напад, частина братів була поранена, частина вбита. Після чого берегівський монастир назавжди припинив своє існування. Подібно францисканцям, загроза винищення загрожувала й ордену паулінів по всій країні. Ужгородські монахи-пауліни під натиском страшної розрухи також були вимушені покинути свій монастир.
Так само був знищений і розграбований їх відомий і багатий берегівський монастир. Братовбивча війна, яка розгорілась між Фердінандим й Ізабеллою і запалила усю країну, була знов на руку султану, який, захопивши у 1566 р. замок Дюли на півдні країни, розширив свої володіння тепер уже і на всю Затисянщину. Кінець кровопролиттю поклав нарешті мир. Нащадок Фердінанда Максиміліан у 1570 р. підписав мир із султаном в Адріанополі, що нарешті примирило і Яноша Жігмонда із Габсбургами. Він зрікся королівського титулу, і не маючи наслідника, признав Габсбургів своїми преємниками.
Після смерті своєї матері останній нащадок Сопольої залишився зовсім одиноким. За свідченням сучасників «бідний» князь був уже тільки тінню самого себе, коротав час, годинами слухаючи релігійну полеміку, і помер непомітно у 1571 р.
